در هر یک از موضوعات زیر، ظرفیت پژوهش مستقل برای نگارش پایان نامه وجود دارد:

1.       قرآن‌شناخت و شبهات آن

2.       اعجاز تاریخی قرآن و نقد شبهات آن

3.       ناسخ و منسوخ و نقد شبهات آن

4.       محکم و متشابه و نقد شبهات آن

5.       افعال حکیمانه الهی و نقد شبهات آن

6.       صفات کمال الهی و نقد شبهات آن

7.       هدایت در قرآن و نقد شبهات آن

8.       گمراهی در قرآن و نقد شبهات آن

9.       آثار احکام شدید قرآن و نقد شبهات آن

10.    جمال پیامبران در قرآن و نقد شبهات آن

11.    نظام عادلانه طبقات در قرآن و نقد شبهات آن

12.    نظام اخلاقی قرآن و نقد شبهات آن

13.    جمال انسان در قرآن و نقد شبهات آن

14.    پیشرفت در قرآن و نقد شبهات آن

15.    قرآن و اقتصاد و نقد شبهات آن

16.    قرآن و سیاست و نقد شبهات آن

17.    منبع الهی قرآن و شبهات آن

18.    برخورد حکیمانه قرآن با غیرمسلمانان و شبهات آن

19.    انسجام قرآن و نقد تناقض انگاری

20.    واقع‌نمایی داستان‌های قرآن و نقد افسانه‌انگاری

21.    جمال محتوای قرآن و نقد شبهات آن

22.    خط قرآن و نقد شبهات آن

23.    رابطه قرآن و علم و نقد شبهات آن

24.    تعارض قرآن و علم و نقد شبهات آن

25.    رابطه قرآن و فرهنگ زمانه و نقد شبهات آن

26.    بررسی تأثیرپذیری قرآن از عرب جاهلی

27.    بررسی تأثیرپذیری قرآن از فرهنگ یونانی و ...

28.    قرآن و عوامل عقب‌ماندگی مادی بشر

29.    رابطه قرآن و ادبیات عرب با نقد شبهات

30.    کرامت زن در قرآن و شبهات آن

31.    حقوق زدنان در قرآن و شبهات آن

32.    حقوق بشر در قرآن و ...

33.    آزادی انسان از منظر قرآن و شبهات آن

34.    قرآن و پیامبرa و برده‌داری و نقد شبهات آن

35.    عصمت پیامبران در قرآن و نقد شبهات آن

36.    قرآن و باستان‌شناسی و نقد شبهات آن

37.    طلح‌طلبی قرآن و پیامبر و نقد شبهات آن

38.    رفتار با اسیران در قرآن و سنت و نقد شبهات آن